Door de erbarmelijke leefomstandigheden en hoge infectiedruk komen in de varkenshouderij tal van ziektes en aandoeningen voor. Hoewel het antibioticagebruik ten opzichte van 2009 volgens officiële cijfers sterk is gedaald, wordt er in de varkenshouderij nog volop antibiotica gebruikt. Door het overmatig gebruik van antibiotica worden bacteriën resistent. Bij 57% van de varkensstallen worden Extended-spectrum bèta-lactamase (ESBL) producerende bacteriën gevonden. Door onhygiënisch werken in de slachterijen wordt ook het varkensvlees zelf besmet; in 2013 werd ESBL op 2% van het varkensvlees gevonden.
Door het overmatig antibioticagebruik werd ook op bijna 70% van alle varkenshouderijen in 2007/2008 vee-gerelateerde Meticilline Resistente Staphylococcus Aureus (LA-MRSA) aangetroffen; 10,7% van het varkensvlees bleek met deze bacterie besmet. Ruim 25% van de Nederlandse varkenshouders was drager en op LA-MRSA-positieve bedrijven was dit zelfs 49%. Ziekenhuizen hanteren vanwege het resistentiegevaar speciale protocollen voor varkenshouders. Alleen al in de 2005-2011 is het aandeel LA-MRSA-besmettingen bij de mens gestegen van 0 tot ruim 40% van het totale aantal MRSA-ziekenhuisgevallen.
Desondanks wordt vlees momenteel niet meer op LA-MRSA getest door de Nederlandse Voedsel- en Warenautoriteit (NVWA). Recent maken ook huisartsen zich grote zorgen over de sterke toenamen van MRSA bij besmette veehouders. In Noorwegen, Zweden en Engeland komt MRSA (vrijwel) niet voor, omdat zij veel strengere maatregelen treffen tegen de verspreiding van MRSA.