In de mestkelders (zie punt 21 over stalklimaat), waarboven de varkens leven, zetten bacteriën en schimmels stoffen in de mest om naar tal van gassen, waarvan zwavelstofsulfide (ook wel zwavelwaterstof, H2S), blauwzuurgas (HCN), ammoniak (NH3) en methaan (CH4) het gevaarlijkste zijn. De gassen worden voortdurend gevormd. De varkens in de stal worden er dus continu aan blootgesteld. Ondragelijke stank, vergiftigingsverschijnselen en (indirecte) infecties zijn het gevolg.
Als de mest in beweging wordt gebracht, er voer in de put gemorst wordt of de ventilatie uitvalt, kan de concentratie van deze giftige mix van gassen in de stal sterk stijgen. Verstikking, brand en zelfs explosies komen hierdoor niet zelden voor.Voor de dieren loopt het meestal slecht af, maar er komen ook regelmatig mensen om het leven.